University of Zurich and ETH Zurich
- 2019, 2020, 2021 BIO254 Functional Genomics, University of Zurich and ETH Zurich. Organised by C. von Mering. Course details.
- 2018, 2019, 2020, 2021 BIO390 Introduction to Bioinformatics, University of Zurich. Co-taught with Dr. Michael Baudis, Dr. Christian von Mering, Dr. Mark Robinson and others. Course details, materials.
- 2018, 2019, 2020, 2021 BIO392 Bioinformatics of Sequence Variations, University of Zurich. Co-taught with Dr. Michael Baudis and others. Course materials.
Workshops
- 2019 13th to 15th March - COST Project Epichembio Bioinformatics workshop: Introduction to NGS data analysis (Barcelona, Spain). Co-taught with Dr. Ana Rojas, Dr. Roberto Malinverni and others. Course materials.
Master/undergrad students
Open positions:
- Master Program in Bioinformatics and Biostatistics from University of Barcelona and Open University of Catalonia joint program (Spanish/Catalan). Please contact me and/or visit the proposals listing (in Spanish).
Supervised senior theses
- (en, 2021) Protein Abundance Prediction In Bulk And Single-Cell Transcriptomics by A. Rodríguez Romera.
- (es, 2021) Estudio de las diferencias de expresión de las neuronas corticales y sus progenitores en el cerebro en desarrollo, así como de las proteínas de adhesión celular en los mismos tipos celulares con datos de single-cell RNA-seq by Marta Nadal.
- (en, 2021) Visual EccDNA: An interactive Shiny Dashboard for extrachromosomal circular DNA data output visualization and analysis by Ainhoa Garcia Vicente.
- (en, 2021) scSMP: an approach for the stratified analysis of intrinsic heterogeneity of DNA methylation in single-cell whole-genome bisulfite sequencing data, by Emanuel Sonder.
- (es, 2020) Estudio de regiones diferencialmente metiladas en muestras tumorales en función del sexo y la edad de los pacientes para la detección de posibles biomarcadores by Ana Diez Borge.
- (ca, 2020) Desenvolupament d'un aplicatiu web per la correcta classificació de variants genètiques en els gens causants de les RASopaties by Elisabeth Castellanos Pérez.
- (es, 2019) Desarrollo de una aplicación web en R/Shiny para la visualización interactiva del análisis diferencial de metilación genómica en muestras tumorales procesadas mediante la tecnología microarray by Mar Garcia Valero.
- (es, 2019) MOXELL, aplicación web para la integración de datos multi-ómicos de experimentos single-cell by Jose Munuera Mora.
- (es, 2019) Relación entre las alteraciones génicas asociadas a los mecanismos epigenéticos y los perfiles de metilación aberrante hallados en el ADN canceroso global by Lorena Ponce Ruiz.
Resources for TCGA data mining